就在第二天，清廷的皇帝福临亲自下旨：加封吴三桂为蜀中王，并将成都府、潼川州、顺庆府、重庆府、叙州府、马湖府、雅州、邛州、眉州、嘉定州、泸州等十三外州府，都赐为吴三桂的封地，许吴三桂在成都府自行开府理事，封地內的官员设置任命，都由吴三桂自行安排，钱粮税赋除去毎年定额上交朝廷之外，也可自己规定征收。吴三桂部人马，统称为蜀营。又下旨确认，朝廷可以与商毅进行议和。同时也再次下旨，请摄政王复出理事。
这两道圣旨刚一下，清廷立刻又一次炸了锅，满汉官员们都认为这两道圣旨实在是有辱大清国威，大损朝廷尊严，于是也都纷纷发言，要求朝廷收回成命。但皇帝的圣旨，加上代理摄政的代善也全力支持，因此一切的反对统统都没有，两道圣旨还是发了下去。
在随后的两天里，各种上书、奏章又一次纷飞到皇宫里，有的是要求朝廷收回成命，也有指责代理的代善无能，要求他立刻辞职等等。
而福临又再一次下旨，坚定确认，这两份圣旨必须坚决执行，任何人都不许再反对，同时又招多尔衮复出理事，并着令他处理这两件事情。
清廷的官员们都认为，这一次摄政王还是不会应招复出，因为前几次多尓衮都没有应招，而且现在朝廷又下了这样两道圣旨，那么多尔衮就更不会复出了，当然也有人猜测，或者多尔衮会以复出为条件，迫使朝廷收回成命。那知圣旨传下之后，多尔衮立刻穿好朝服进宫面君，并且满口答应，将会尊旨照办。
其实多尔衮早就想复出了，因为济尔哈朗失败之后，己经彻底没有资格和自己争斗了，多尔衮就知道这一次斗争自己取得了全胜，不仅把丢失湖北、江淮的罪名也全都推到济尔哈朗身上，而且商家军接收了江淮地区之后，暂时也无力再发动对清廷的进攻，自己正好可以出面来收拾这个残局。因此才指使党羽们摇旗纳喊，为自己复出造势。
但就在这时，吴三桂的奏章送到了北京，同时在清延內部，也有人提出和商毅讲和的建议，而多尔衮也立刻打消了马上复出的念头，又继续装病。
因为多尔衮十分清楚，给吴三桂封王，和与商毅讲和，虽然在目前的清廷来说，都是正确的选择，但却也是谁干谁挨骂的事，自己由于南征惨败，己经威信大损，这趟浑水可千万不能再踏，否则必将威信扫地。但从目前的情况，又不得不这么做，因此也只能让现在当权的人和朝廷来再被这个黑锅，转移众人的视线。这样一来自己复出以后，虽然也照做，但那只是执行朝廷以前做出的决定，也就不会因此而受到攻击，有陨自己的声望。
但多尔衮的这番心思沒法对别人去说，包括自己的党羽，因为在多尔衮的党羽中，绝大部人也是反对这样两道圣旨的，因此也只好这么一声不吭的继续装病，直到有人领会为止。但多尔衮心里，也同样十分着急，自己这么迟迟不肯复出，万一弄得真的以为自己是要退隐了，弄巧成拙了怎么办呢？
好在是范文程不愧老谋深算,一下就看出他这份心思，说动了朝廷出面下旨，封吴三桂为王，并决定和商毅讲和，而多尔衮见所有的障碍都清除了，也就不在装病，立刻应招复出。
就这样经过了四个多月的病休之后，多尔衮终于正式复出，又重新掌握清廷的最高权力，而清廷新一轮的的权力斗争，也以多尔衮的全面获胜而结束。不过多尔衮现在面对的，就是开始收拾现在的残局。
而这时在江淮战场上，清军己经全部撤回到淮河北岸，而商家军也全线出击，连续接收了安庆府、庐州府、凤阳府、淮安府等地，并且有少数部队还渡过淮河，占领了淮河北岸的五河、怀远、颖川等淮北的沿岸地区，基本完全控制住了淮河区域。而清军只能退守灵壁、宿州、蒙城一线。
另外湖北军区第六军的两个师也翻跃大别山，向河南的汝宁府发动进攻，因为这时清军在河南的驻守兵力集中在南阳一线，防备商家军从襄阳出击，因此在汝宁府的兵力不多，商家军连续攻取了光州、商山、信阳、罗山等淮河以南的地区，大约占汝宁府的一半左右。从而也完全控制了大别山区。
由于商家军出击得极时，清军对淮南地区的破坏并不算十分彻底，破坏的最严重的主要是安庆府、庐州府地区，而在靠近淮河的凤阳、淮安等地区还没来得极进行大规模的破坏，就因为商家军的杀到，而匆匆撤退，在有些地方，根本就沒有来得及动手就跑。
不过在安庆府和庐州府造成的破坏却十分严重，由其是治所在地的怀宁和合肥两城都被清军焚之一炉，几乎全毁，而城外的乡村镇县也遭受到大量的破坏，造成无家可归的难民，也达到六七十万之众。
虽然商家军出兵及时，并且带来了必要的粮食、帐蓬等生活物资，组织难民定居，统一安置难民的生活，并且规定难民尊守秩序，各安生业，不得趁机闹事做乱，否则绝不轻恕，不过由于近十年来这此地区的法纪松弛，社会动荡不安，因此人们的胆孑也大了不少，有少数不安寂寞的人借机闹事，干一些抢劫掠虏的事情，还有一些有野的人，打算趁机扯旗造反，自立山头。
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