国会、内阁、司法三个系统都建立了起来，同时也开始制定【中华宪法】，但所有的这些，都属于中央的机构，而帝国的新体制中，当然还包括对地方机构进行重新调整。
从原则上来说，各地方，由其是省级地方机构，也应该和中央一样，实行三权分立，建立地方议会、地方行行和地方司法糸统。但地方机构的建立，要远比中央复杂得多，因为各地方的社会、经济发展水平不一样，对帝国的新体制，三权分立的理解程度也不一样，相对来说，被商毅统治时间较长的地方，如浙江、江苏、安徽、江西、湖北、湖南、山东、台湾这八个省的发展较快，对三权分立、国会、民主这些概念都了解一些，被商毅统治的时间短，由期是北方地区，就要差得多，因此地方机构的调整，也不能一概而论。
按照商毅的构想，首先应该在地方上建立起完善的行政统系和司法系统，然后再慢慢建立地方的议会。
其实在商毅称帝之前，就己经将地方的行政系统划分为省、直辖市——省会市、市——县——乡、镇四级，虽然和以前的朝代相比，多了一个乡、镇级的划份，对地方的控制力度也加强了一些，但各级的行政制度，官员机构的设置，和明朝相比，并没有太大的变化，只是名称不同而己。
中国古代的地方行政机构最大的一个特点就是：官少吏多，政经财一把抓，而且越到基层的地方，官员的数量就越少。以明朝为例，在省一级的地方行政机构还有一定的行政分工，一般是由巡抚主管行政军政、布政使管财政、按查使管刑法，至少还有三套班子，但到了知府以下，就只剩下一套班子了，而且这一套班子的人数也不多。
按明朝的官制，一个府级的行政机构的政府官员是：知府一人、通判无定员，推官一人，经历司经历一人，照磨所照磨一人，检校一人，司狱一人。不计无定员的通判，其他的全部加起来，也就是六个人，就算多加几个通判，撑破天也就十来个人，就要管理一个府的事务。
府级是如此，而县级就更惨了，全部的官员就是：知县一人，县丞一人，主簿一人，典史一人，再有一个县教谕，通共就只有五个人。因此管理事来就只好胡子眉毛一把抓，什么都管。
虽然说古代的府县规模不能与现代相比，但也不是只靠这么几个人就能够管得过来的，因此各地方官员就只能依靠什么师爷、幕僚、衙役、班头、仵作、团头等一批下层的吏员，来管理地方的行政、税收、差役、保甲、缉捕、狱讼等等事务。
结果这一批人虽然都不算是正式的朝廷官员，但却在实际上牢牢的把持着地方基层的权力，或是蒙上压下，或是驾空上级，或是上下串通，吃拿卡要，中饱私襄，在地方上的种种弊端，十有八九都是这一批人弄出来的。朝廷的官员到了地方之后，还要和这一批人敲好关糸，否则就很难开展工作，好一点的最多就是不同流合污，而差的就是一拍即合，大家一起闷声发大财，等任期满了以后，拍屁股走人，换一个地方官来之后，就一切照旧。
而且朝廷的官员还可以一批一批的换，而这些吏员却都是终身制，只要不犯什么大错，就可以一直当到老死，甚致还是世袭制，老子死了儿子接班，哥哥沒了兄弟顶上，所谓“官无封建、吏有封建”，就是指得这种现像。
这也是一个让后世的历史学家很难理解的现像，一方面历代以来，每一个王朝都会肖许多的闲散官员，由其是在科举制度完善之后的宋明清三代，毎年政府都会产生大量的闲散官员，最多的时候可以达到数万之多，全都是白拿工资不干活的主，当然不是他们不想干，而是朝廷没有那么多的职位，只能靠政府养活着他们，成为政府沉重的财政付担，而在另一方面，在地方基层的行政官员又极少，根本管不过来地方的事务，只能依靠大批的吏员维持地方的行政制度。确实令人觉得匪夷所思。
即然总是要养着这样官员，那么干嘛不索性把他们都放到基层去做官，至少也不会比那些吏员更差吧，而国家也不致于是白养活着他们呀。
而更为让人难以想像的事实是，官差、衙役、隶卒这些吏员中的主要构成者，在明朝居然是被划为贱民一类，而广大的农民，却算是良民，在政治权力上，良民是比贱民大的，而在实际的生活中，良民却是被贱民欺压剥削。这种显像，恐怕己经不能用怪异来形容了。
因此自从商毅成势之后，在这方面，就做了大量的变革，在中华帝国成立之后，取消了贱民、良民之分，推行众民平等原则，同时也把所有的吏员全部都纳入到了政府官员的行列中，并且又加设了乡镇一级的行政机构，才算是加强了对地方行政的控制。由其是在商毅最早统治的八个省里，地方的各级行政制度都基本建立完成了。
但由于原来是处于战争时期，而且官员的人材缺乏，因此商毅并没有进一步建全地方行政机构、主要是在行政职能上，还是由知府、知州、知县一个人通盘全管，只是各级地方机构的人员多了一些。
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