大气循环系统，生态循环系统，各种建筑物，各种维持生存所必须的仪器有很大一部分都受到了严重的破坏。萧宇必须将这些东西修复，才能让智慧生物们舒适的生存在这里。
于是，庞大的工程开始了。数千万台工程机器人很快的就将几十艘家园号飞船变成了一个庞大的施工现场。被冻坏倒塌的建筑物残骸被迅速的清运掉，大量的全新完好的建筑材料被运到了这里，各种大楼开始修复。
假山开始重新出现身影，河流，海洋，湖泊也再一次出现在了家园号飞船之中。萧宇还开始尝试着将一部分动植物放养到了这里，重新构造生态循环系统。
大气循环系统也开始修复。在数量庞大的机器人日夜不停的工作之下，受损的仪器被修理完毕，或者直接拆卸下来换上新的，能量供应模块开始正常工作，大气加热、加湿模块开始恢复正常工作。在虚拟太阳的配合之下，大气开始出现温度的不平衡，在这个不平衡的压力之下，风开始出现了。海洋和湖泊带来了充沛的水汽，这些水汽被风运输到了家园号飞船的各个地方，降雨开始出现。
家园号飞船之中再一次出现了风云雨雪，山川河流。
萧宇就像是创造世界的神灵，让这个死寂的世界再一次出现了生机。
各方各面的繁忙工作足足持续了三年多的时间。在这三年多的时间之中，萧宇亲眼目睹了第一批放养出来的野生动物进入到成熟期，开始繁殖下一代，亲眼目睹这些野生动物的死亡，腐烂的尸体被各种微生物分解，重新化为了各种养分归入大自然，变成了植物的养料，植物在逐渐的生长，在供应植食性动物食物的同时，还在繁衍着自己的后代，种子随着风四处飘荡，在土地之上重新扎根，最终冒出了或绿色或紫色的嫩芽，开始了自己新的生活，肉食性动物在捕捉植食性动物，肉食性动物之间也会有竞争，受伤、流血、死亡等等事件，每一时每一刻都在发生着。
家园号飞船之中，重新出现了完善又生机勃勃的生物圈。
只是现在，家园号飞船之中仍旧没有活动着的智慧生物。现在还差一点，还有一点工作，萧宇就可以将他们唤醒，让他们开始新的生活了。
萧宇正在进行最后的清理工作。现在的城市，各种建筑物，市政设施等虽然已经修复完毕，但是各种废料还没有来得及清理。完成了其余任务的大量机器人全部投入到了这一项工作之中，大量的残渣被清理出去，城市开始变得整洁而有序。
完成了所有的任务之后，萧宇开始了第一批智慧生物的唤醒工作。
沉重的冷库大门被打开了，一些个人冷冻设备被运输了出来，来到了专门的解冻设备之中。三个小时的适应期之后，这批恢复了知觉的智慧生物走入到了正常的环境之中。
映入他们眼帘的，是如画的城市，高大巍峨整齐有序的建筑，和煦的虚拟太阳，适宜的温度，轻柔的微风……这一副美好的景象，让他们忍不住伸出了双臂，像是要拥抱这一切。
“危机已经过去了，开始享受新的生活吧，神舟文明的子民们。”萧宇微笑着想着。
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